بخش اتاق‌های عمل در طبقه چهارم بيمارستان و يك اتاق عمل در بلوك زايمان جهت سزارين‌های اروژانسی با برخورداری از كادر مجرب و متخصص همراه با آخرين تجهيزات مدرن روز پزشكی آماده ارائه خدمات درمانی در كليه ساعات شبانه روز به بيماران محترم می‌باشد.

اين بخش دارای 2 اتاق عمل است كه كاربری اتاق ها به تفكيك شامل موارد زير می‌باشد:
اتاق عمل شماره 1:
در اين اتاق كليه اعمال جراحی عمومی و جراحي های تخصصی انجام می‌شود. اين اتاق مجهز به دستگاه لاپاروسكوپ و سيستوسكوپ و سينوسكوپ، هیستروسكوپ مي باشد.
اتاق عمل شماره 2:
اين اتاق مجهز به سيستم آرتروسكوپی و دستگاه C-ARM می‌باشد. در اين اتاق كليه جراحی های ارتوپدی شامل هيپ، تعويض مفصل، آرتروسكوپی و نيز جراحی ستون فقرات و ديسك و جراحی اعصاب شامل كرانيوتومی انجام مي گيرد.
علاوه بر اين بيمارستان دارای يك اتاق عمل اورژانس در بخش اورژانس تخصصی می‌باشد كه كليه اعمال سرپايی در آن انجام می‌گيرد و يك اتاق عمل مجهز در بلوك زايمان جهت سزارين ها در شرايط اورژانس می‌باشد.

از مشخصه های ویژه اتاق های عمل بیمارستان مهرآیین انجام اعمال جراحی زیبایی، جراحی های بینی _ صورت _ لاله گوش _ لیفت صورت _ جراحی های پستان _ ابدومینوپلاستی _ لیپوساکشن نواحی مختلف _اعمال جراحی ترمیمی و زیبایی نواحی تناسلی و کلیه اعمال جراحی ارتوپدی و ستون فقرات می باشد. در این اعمال جراحی مهرآیین یکی از شاخص ترین مراکز جهت بیماران به ویژه در حوزه مراجعین بین الملل (IPD) می باشد.